Le club fut créé en 1904 sous le nom « Bleuets Notre-Dame de Pau », mais en 1959 une scission se fit car le président de l’époque refusait de faire monter le club en National, il fut alors rebaptisé sous le nom du FC Pau, pour finalement être appelé Pau FC en 1995.

Jusqu’à la saison 2007/2008, le club évoluait dans le championnat National (3ème division), où il était le seul club présent dans ce championnat depuis sa création en 1998 (soit 10 ans en National).
Après 8 années en championnat CFA, le Pau FC retrouve finalement le championnat National pour la saison 2016/2017.

De nombreux joueurs professionnels ont porté les couleurs du Pau FC, notamment André-Pierre Gignac, Adrien Rabiot, Tino Costa ou encore Aurélien Chedjou (Galatasaray).

Le Pau FC est le deuxième club de football de la région Aquitaine de par ses résultats, derrière les Girondins de Bordeaux évoluant en Ligue 1.

Le club évolue actuellement au sein de sa propre installation mise à disposition par la Mairie de Pau, avec un terrain de foot en herbe, un synthétique, un club house, etc.